完全蛋白质中包含所有必需氨基酸。动物蛋白都是完全蛋白质，包括乳类、蛋类、肉类；植物蛋白中大豆及豆腐、豆浆等大豆制品中所含的也是完全蛋白质。

这类蛋白质中缺乏某些必需氨基酸。大多数植物蛋白属于不完全蛋白质，特别是中国人膳食中的常见主食——大米缺乏赖氨酸，玉米缺乏色氨酸。

虽然植物蛋白多属于不完全蛋白质，但是它们所缺乏的氨基酸不同。同时摄入多种植物蛋白，可获得所有必需氨基酸。例如大米缺乏赖氨酸，但是富含甲硫氨酸，而除了大豆外的其他豆类通常缺乏甲硫氨酸，所以米饭+豆类（如加入红豆的杂粮饭）的组合就可以获得所有必需氨基酸，因此要从多种食物中摄入蛋白质。

在合成某种蛋白质时所需的氨基酸必须同时存在，缺少了任何一种，蛋白质都不能合成。所以蛋白质的优劣，不取决于含量最多的氨基酸，而取决于含量最少的那种氨基酸，这就是氨基酸的“木桶效应”，木桶能够盛多少水，取决于最短的那块木板的长度。限制氨基酸指某种食物中含量最少的必需氨基酸，它就是这类蛋白质中的短板。人体合成蛋白质需要所有9种必需氨基酸，当任意一种必需氨基酸供应不足时，蛋白质的合成就只能停工了。植物类食物多属不完全蛋白质，因此存在限制氨基酸，如米饭的限制氨基酸是赖氨酸，玉米的限制氨基酸是色氨酸等，所以植物蛋白合成肌肉的效果通常会比动物蛋白差一些。